明确了基础阀体及工作原理后，使用过程中的故障排除就显得容易了。在整个自动控制系统诊断过程中，需要有一个次序问题，也就是故障排除顺序。一般在诊断电磁阀问题以前，需要做一些工作：如确定水源是否打开、控制器是否连接上且程序设置是否正确、电磁阀上的流量调节手柄是否关闭，然后采用手动操作试试，假如手动电磁阀能正常工作，问题有可能出在控制器或电缆线上面。确定前端控制器是否有正常输出？一般灌溉控制器的输出是24V左右，各厂家有细微的差别，免得客户认为电磁阀不能开启，就得出电磁阀有问题的结论。这个利用万用表测量一下电磁阀输出端口电压就可以，有问题排除，如何输出没有问题，我们进行下一步。
   检查灌溉电磁阀和控制器之间的连接电缆是否联通的？如采用的是无线控制系统就忽略该步骤。也是利用万用表的电阻档来测量控制信号电缆的情况。无穷大代表断路，而一般的通路有十几到几十欧姆的阻值，这需要看铺设电缆的长短和材质来确定。一步就是电磁阀故障的排除工作，除了阀体的损坏，这是容易判断的，其余电磁阀故障问题就两个：电磁阀不能开启和电磁阀不能关闭，这是常见的两个问题。
   灌溉电磁阀不能关闭----这其中可能有两方面的原因。其一：物理上的障碍，比如一些碎石、枯叶残枝，阻止了隔膜的完全密封，在清除这些障碍以后，需要检查隔膜及附件是否有损坏。其二：作用在上隔膜的压力太小，可能存在下面几方面的原因：上隔膜腔进口过滤器堵塞。这将阻止水流进入上隔膜腔，不能产生足够大的水压力关闭隔膜。流量调节手柄提得太高（开度大）。
这样在低流量、低压力的情况下，隔膜有可能悬在高位置，而不能及时密封。电磁阀上下阀体之间密封不严。水很容易从其中渗出，这也不利于产生足够大的压力关闭隔膜。这个时候就是拧紧阀体固定螺丝。电磁阀处在手动放水状态。电磁阀有两种手动操作方式（内放水、外放水），外放水一般容易识别，而内放水对于一般的的客户就不容易觉察。也就是电磁头没有拧紧，这是从手动切换到自动过程中，经常会疏忽的问题。